Gdy bunt Ludra nabierał rozpędu, w ten sam dzień, w którym ogłoszono przeciw niemu tzw. Edykt Wormacki, 8 maja Roku Pańskiego 1521 urodził się w Nimwegen, w pozostających wówczas pod panowaniem Karola V Habsburga Niderlandach, Piotr Kanizjusz. Jego ojciec, Jakub Kanis był zamożnym mieszczaninem i burmistrzem, matka Egidia (Vrouw) zmarła wkrótce po narodzinach syna. Ojciec zadbał o edukację chłopca – w roku 1536 został on wysłany na uniwersytet w Kolonii, gdzie uczył się sztuk wyzwolonych, prawa cywilnego i teologii, w roku 1539 przez pewien czas przebywał na uniwersytecie w Louvain, zaś w roku 1540 uzyskał tytuł magistra sztuk wyzwolonych w Kolonii. W Kolonii poznał ks. Andrzeja Herlla, którego opiece go powierzono – przyjaciela znanego katolickiego publicysty ks. Jana Cochleusa, wygnanego z Danii, której władca przyjął protestantyzm i ogłosił się głową Kościoła arcybiskupa Lund Joergena (Jerzego) Skodborga, znanego z pobożności i ascetycznego życia, karmelitę o. Eberharda Billika oraz ks. Mikołaja van Esche, który został jego duchowym doradcą. I tak, mimo iż jego ojciec znalazł dla niego kandydatkę na małżonkę wśród zamożnego mieszczaństwa, poczuł powołanie. W roku 1543 poznał o. Piotra Fabera – przyjaciela o. Ignacego Loyoli i odbył pod jego kierownictwem ćwiczenia duchowne, po czym został przyjęty, 8 maja w Moguncji do Towarzystwa Jezusowego. W kolejnych latach założył pierwsze w Niemczech kolegium jezuickie w Kolonii, gdzie pracował jako misjonarz. W roku 1546 uzyskał święcenia kapłańskie. Z powodu swej uczoności i pobożności został wyznaczony przez duchowieństwo Kolonii, w tym władze uniwersyteckie by interweniował u cesarza Karola V i nuncjusza papieskiego w sprawie miejscowego metropolity Hermana von Wieda. Herman von Wied, arcybiskup Kolonii od roku 1515 był klasycznym przykładem hierarchy, który przez lata wspierał rewolucję protestancką, nie zrywając otwarcie z Kościołem. Powoli protestantyzował też kościoły swojej archidiecezji. W roku 1542 wyznaczył swoim nadwornym kaznodzieją jednego z przywódców protestanckich – Marcina Bucera oraz skierował się po porady duchowe do innego luminarza rewolucji – Filipa Melanchtona. Rzym wciąż nie reagował a protestant von Wied pozostawał formalnie metropolitą kolońskim. Dopiero w roku 1546 Papież Paweł III złożył von Wieda z urzędu i ogłosił jego ekskomunikę, do czego przyczyniła się misja Kanizjusza. W roku 1547 jako teolog kardynała Ottona Truchsessa von Waldburg, biskupa augsburskiego Kanizjusz został wysłany na Sobór Trydenki. Podczas przerwy w obradach znalazł się w Rzymie, gdzie spotkał się ze św. Ignacym Loyolą. Ten powierzył mu wykłady w kolegium jezuickim w Messynie na Sycylii a potem został wyznaczony na prośbę księcia bawarskiego Wilhelma IV na wykładowcę uczelni w niemieckim Ingolstadt. Zanim jednak tam wyruszył, 7 września 1549 złożył w Rzymie, przed św. Ignacym Loyolą uroczystą profesję zaś na uniwersytecie w Bolonii otrzymał doktorat z teologii. 13 listopada dotarł do Ingolstadt i rok później został wybrany rektorem uniwersytetu. W roku 1552 został posłany by organizować nowo założone kolegium wiedeńskie, gdzie wykładał teologię i głosił kazania w katedrze św. Szczepana i na dworze Ferdynanda I Habsburga. W Wielkim Poście roku 1553 przeprowadził misję w parafiach Dolnej Austrii, które również spustoszyła rewolucja protestancka wspierana przez następcę tronu Austrii – późniejszego Maksymiliana II, który wyznaczył na swego nadwornego kapelana niejakiego Fauzera – księdza-apostatę, który zerwał celibat i głosił nauki luderańskie. O. Kanizjusz otwarcie się Fauzerowi przeciwstawił i interweniował przeciw niemu u Ferdynanda I, zmuszając Maksymiliana do odesłania kaznodziei, za co królewicz znienawidził o. Kanizjusza. Zyskał natomiast on wielkie zaufanie u króla rzymskiego Ferdynanda I (od roku 1558, po rezygnacji Karola I również cesarza), który zaoferował mu godność biskupa Wiednia. O. Kanizjusz odmówił, chcąc kontynuować dzieło misyjne w Europie Środkowej. W roku 1555 był obecny na sejmie Rzeszy w Augsburgu, potem udał się do trapionych przez sympatie husyckie Czech. W tym samym roku, w Wiedniu wydano jego katechizm – Summę doktryny chrześcijańskiej. Nawiązał również korespondencyjny kontakt z bp Stanisławem Hozjuszem oraz jego bliskim współpracownikiem ks. Marcinem Kromerem, z którymi się zaprzyjaźnił. Do grona jego przyjaciół należał również m.in. Karol Boromeusz. 15 stycznia roku 1555, w odpowiedzi na zaproszenie ks. Marcina Kromera o. Kanizjusz odpowiedział że jest gotów wyruszyć do Prus Królewskich, nawet zaraz, gdy tylko uzyska aprobatę z Rzymu. 9 kwietnia 1556 roku pisał: „Wśród tych wielkich burz czekajmy na lepszy wiatr. Chrystus śpi, statek jest miotany i wszystko wydaje się stracone. Jednak nie będzie spał ani drzemał Ten, który strzeże Izrael [por. Ps 120: Ecce non dormitabit neque dormiet qui custodit Isræl.]. Jemu zatem powierzmy w doskonałej ufności siebie i wszystkie sprawy Kościoła. On się nami opiekuje.” Brał udział w zakładaniu kolegiów jezuickich w Ingolstadt i Pradze a w roku 1556 został mianowany przełożonym prowincji Górnych Niemiec obejmującej obok Bawarii, Szwabii i Dolnej oraz Górnej Austrii także Czechy i Węgry. Zimą 1556/57 wziął udział u boku króla Ferdynanda w sejmie w Ratyzbonie a potem w dyspucie religijnej w Wormacji, gdzie przeciwstawiał się próbie pozyskania przychylności władcy Austrii przez Melanchtona. Pod koniec 1557 roku niestrudzony o. Kanizjusz udał się do kolejnego ośrodka „reformacji” – Strasburga w Alzacji, gdzie podjął rozmowy w sprawie utworzenia kolegium jezuickiego. Przebywał potem na prośbę księcia Alberta V w Bawarii, gdzie w Straubing zmusił do ucieczki protestanckich pastorów. Udał się następnie na kongregację zgromadzenia do Rzymu i Paweł IV powierzył mu misję w ogarniętej przez herezję Polsce, dokąd udał się wraz z nowym nuncjuszem Kamilem Mentovato (1558), biorąc udział w sejmie w Piotrkowie oraz w Krakowie przemawiając do duchowieństwa i wykładowców Uniwersytetu Jagiellońskiego. W listach z tej podróży przedstawił smutny stan Wiary Katolickiej w państwie nad Wisłą. 18 października 1558 roku pisał z Krakowa do o. Jakuba Laineza, że ma trudność ze znalezieniem miejsca do sprawowania ofiary, że ludzie miejscowi są niegościnni i nieokrzesani. Sprawa religii wygląda źle, zaś możni popierają sekciarzy lub rzucają wyzwanie biskupom (Causa religionis graviter afflicta iacet: tota fere nobilium turba studet sectariis, eosque defendit in pagis concionantes vel invitis Episcopis), heretycy zyskują znaczenie (haeretici cristas magis ac magis erigunt), wkrótce skończy się wolność i siła Kościoła jeśli nie otrzyma on silnego wsparcia (oppresuri mox libertatem et potestatem ecclesiasticam, nisi magna vi succurratur). Polacy są atakowani wciąż „przez szatana i najgorszych jego synów”, lud słucha chętnie kazań protestanckich kaznodziejów. W liście z 20 października pisał: „nie powiem nic o braku człowieczeństwa u Polaków, w tym katolików i przemilczę ich antypapieskie nastawienie, ich brak wiary oraz niewielką gorliwość u ich przywódców”. 27 listopada, już z Piotrkowa, o. Kanizjusz wskazywał o. Lainezowi w Rzymie: „chciałbym bardzo aby Towarzystwo przybyło do tego kraju albowiem jest on tak szerokim i leżącym odłogiem gruntem dla robotników Chrystusowych oraz gdyż pomogłoby to w rozpoczęciu ewangelizacji krajów sąsiednich. Diabeł panuje nad wielką częścią Litwy, Rusi, Prus i Moskwy oraz w tych rozległych terytoriach Tartarów, które, jak mówią, rozciągają się aż po Chiny. Aby światło Ewangelii mogło rozproszyć gęstą ciemność niewiary oraz aby Towarzystwo mogło uzyskać w tych ziemiach północnych takie rezultaty jakie zyskało już w Indii”. W tym samym liście o. Kanizjusz pisze, że zewsząd otaczają ich problemy, zaś nuncjusz odświeża się pośród trosk polskim piwem (Et valet satis modo Legatus, quem cerevisiae Polonicae potus etiam atque etiam recreat). 15 grudnia, wciąż z Piotrkowa pisał o. Janowi de Polanco towarzysz o. Kanizjusza, o. Dominik Mengin: „jesteśmy teraz w Piotrkowie wśród licznych nieprzyjaciół Kościoła Świętego, którzy czynią wszystko aby udaremnić wszystkie nasze wysiłki” (Nunc sumus Petricoviae inter permultos Ecclesiae sanctae adversarios, qui omnes nostros conatus destruere non parum contendunt). Jednocześnie jednak, jak wynikało z tego listu, tłumnie przychodzili do nuncjusza i o. Kanizjusza Polacy, prosząc o naprawienie szkód wyrządzonych im przez heretyków, o opiekę Kościoła a jeszcze inni o uwolnienie z ekskomunik. Przychodzili również na odprawiane przez jezuitów Msze, mimo iż sprawowano je przed świtem. Powierzono im również pod opiekę chłopca o zepsutych obyczajach, który wkrótce pobożnie zaczął odmawiać modlitwy na kolanach, służyć do Mszy a nawet poświęcać się nauce pobożnych rzeczy. Jak wskazuje dalej: „znaleźliśmy dwóch duchownych na dworze z beneficjami, którzy przedtem nigdy nie otworzyli Brewiarza. Tych przekonaliśmy by przyłączyli się do nas w odmawianiu Liturgii Godzin. Ojciec Kanizjusz zaczął odprawiać trzynaście Mszy w intencji powodzenia Sejmu”. Zachęcał też do tego innych kapłanów. Jak pisze o. Mengin o. Kanizjusz znalazł też czas na przejrzenie dzieła Hozjusza o Komunii pod dwiema postaciami oraz celibacie. Dzień później, 16 grudnia sam Kanizjusz pisał do Kromera o przybyciu na sejm wielkiego protektora kalwinizmu Mikołaja Radziwiłła zwanego Czarnym – kanclerza wielkiego litewskiego, który miał wielki wpływ na króla Zygmunta Augusta: „pojawił się wczoraj i znalazł wspaniałe przyjęcie u czołowych mężów i szlachty. Ci ludzie go szanują zaś katolicy bardzo się go obawiają. W liczbie, jak i w innych rzeczach światowych nasi przeciwnicy wydają się brać górę i nie wiem kogo cierpiąca sprawa Kościoła znajdzie jako obrońców.” 17 grudnia o. Kanizjusz sporządził kolejny raport dla o. Laineza: „Zachowanie i utwierdzenie wiary zależy przede wszystkim od Króla i Biskupów. Król zaiste poczynił obietnice i zaoferował swe usługi Nuncjuszowi, lecz ci, którzy go znają go najlepiej nie spodziewają się ani nie oczekują niczego wielkiego od tego ducha tak posępnego i słabego. Mówią że brzemię rządzenia królestwem zostało zrzucone na barki innych, albowiem Król w nadmiernym pragnieniu przyjemności i spokoju, niemal nie daje się nakłonić do cierpliwego słuchania, gdy chodzi o sprawy publiczne. Nawet przez swoich jest oceniany jako gnuśny. Oni zaś ze swej strony z odrazą traktują najmniejszą wzmiankę o surowości przeciw sekciarzom. Nie tolerują ludzi takich jak Biskup Werony [Alojzy Lippomano – przyp. wł.], który próbował przekonać Króla aby usunął zarazę przynajmniej ze swego dworu i okazywał heretykom mniej pobłażania. Zatem i na dworze, i w kurii są mocne wpływy heretyków. Król traktuje ich jak przyjaciół, są przyjmowani na przyjęciach przez biskupów i kanoników katedralnych, zwłaszcza szlachta jest w bardzo zażyłych z nimi stosunkach. Król wini Biskupów za całe religijne zepsucie ostatnich czterech lat, zaś Biskupi odpowiadają głośnymi skargami że Król nie używa swej władzy by wprowadzić środki wymagane przez prawa i wolności Kościoła”. Sami biskupi polscy, według Kanizjusza są jak „lekarze nie potrafiący leczyć licznych i strasznych chorób epoki lub jak beztroscy i niedbali marynarze pośród wielkiego sztormu. Ich chciwość wielce niweczy wszelki wpływ jaki posiadają i sprawia, że są nienawidzeni przez wszystkich. Nadto, są praktycznie wszyscy starymi i słabowitymi, spędzając czas na ratowaniu zdrowia bardziej niż na posłudze dla swej owczarni.” Wyjeżdżając z Polski do Pragi w lutym 1559 roku, listem z Piotrkowa (10.02) o. Kanizjusz informował o. Laineza, że nowy Arcybiskup Gnieźnieński Jan Przerembski chciałby sprowadzić na stałe do Polski jezuitów. W roku 1559 o. Kanizjusz ponownie zjawił się na wezwanie cesarza Ferdynanda na sejmie Rzeszy w Augsburgu, gdzie został wyznaczony kaznodzieją katedralnym. Funkcję tę pełnił gorliwie aż do roku 1566, przyciągając tłumy. W roku 1559 otworzył kolejne kolegium jezuickie – tym razem w Monachium. W roku 1562 papież Pius IV powierzył mu funkcję papieskiego teologa na Soborze w Trydencie, gdzie zajmował się m.in. kwestią dyspensy na Komunię pod dwiema postaciami dla czeskich utrakwistów. W tym samym roku otworzył kolegium w Innsbrucku. W roku 1563 zablokował rozmowy ugodowe cesarza Ferdynanda z protestantami, czym zyskał wdzięczność Stolicy Świętej i niechęć wiedeńskiego Habsburga. W roku 1564 założył kolegium w Dillingen, gdzie, trzy lata później miał dotrzeć młody Stanisław Kostka. Został też doradcą biskupa miejsca. W roku 1565 przybył na kongregację zgromadzenia do Rzymu i Pius IV powierzył mu tajną legację w Niemczech związaną z wdrażaniem postanowień Soboru Trydenckiego, przerwaną śmiercią papieża. W roku 1566 wraz z kard. Franciszkiem Commendone współpracował na sejmie w Augsburgu przy niweczeniu planów protestanckich. W 1567 głosił rekolekcje wielkopostne w katedrze w Wurzburgu, gdzie omawiał założenie kolejnego kolegium. Pius V powierzył mu zadanie teologicznego rozprawienia się z tzw. centuriatorami z Magdeburga. W kolejnych latach odnajdujemy go jako niestrudzonego kaznodzieję w Augsburgu i Innsbrucku (do 1576). Potem głosił nauki m.in. w Bawarii, zaś w roku 1580 założył kolegium jezuickie we Fryburgu, w Szwajcarii, z którego wkrótce uczynił bastion Wiary Katolickiej. Zmarł we Fryburgu 21 grudnia 1597 roku. W roku 1864 Papież Pius IX ogłosił jego beatyfikację, kanonizował go Pius XI w roku 1925.
